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朱峰 - 浙江大学
关于导师
朱峰博士

浙江大学教授，博士生导师；H-index & My Citations (Google Scholar)

中国药理学会分析药理学委员会委员，青年委员会副主任，常务委员；中国化学会计算机化学委员会委员；中国计算机学会生物信息学专业组委员；重庆市生物信息学会副理事长

zhufeng@zju.edu.cn（常用邮箱），prof.zhufeng@gmail.com；0571-88208444
个人简介
研究兴趣：药物化学、药物设计、新药靶发现、生物信息学和系统生物学

运用人工智能（机器学习、深度学习等）、复杂网络分析等生物信息学手段和多组学（基因组、转录组、蛋白组、代谢组等）新技术，分析和发现具有治疗效用药物靶点的成药性和系统生物学特性，发展新颖的用于药靶发现的新型预测方法和面向全球的在线工具，并进一步研究（多靶点）药物与重要靶点的相互作用机制。
 学术任职
  • 2018年11月至今：中国药理学会 分析药理学委员会 委员

  • 2018年11月至今：中国药理学会 分析药理学青年委员会 副主任，常务委员

  • 2018年07月至今：浙江大学 竺可桢学院 专业导师

  • 2017年07月至今：浙江大学 药学院 教授，博士生导师

  • 2016年10月至今：重庆市生物信息学会 副理事长

  • 2016年06月至今：中国计算机学会 生物信息学专业组 委员

  • 2014年09月至今：中国化学会 计算机化学专业委员会 委员

  • 2014年02月至2017年06月：重庆大学 药学院 教授，博士生导师

  • 2012年07月至2014年02月：重庆大学 创新药物研究中心 研究员，博士生导师

  • 2012年01月至2012年07月：新加坡国立大学 药学系 Research Fellow

  • 2011年01月至2011年12月：新加坡国立大学 药学系 Research Associate

  • 2010年07月至2011年01月：新加坡国立大学 亚洲研究中心和药学系 Research Assistant
 教育背景
  • 2006年08月至2011年05月：新加坡国立大学 药学系 博士

  • 2003年08月至2006年07月：北京师范大学 北京市光学重点实验室 硕士

  • 1999年08月至2003年07月：北京师范大学 物理系 学士
 奖励荣誉与人才计划
  • 国家创新人才推进计划 中青年科技创新领军人才 入选者（2020年）

  • 国家创新人才推进计划 重点领域创新团队 核心成员（2019年）

  • 国家四青人才 入选者（2014年）

  • 浙江省 海外高层次人才引进 浙江省特聘专家（2019年）

  • 浙江省 高等学校优秀毕业生 指导教师（洪嘉俊硕士，2020年）

  • 重庆市 科学技术奖 科技进步一等奖（排名第四，2019年）

  • 重庆市 高层次人才 第二层次（2014年）

  • 唐立新优秀科研教师奖（2015年）

  • 浙江大学 2019 年度院级先进（2020年）

  • 浙江大学 2018 年度院级先进（2019年）

  • 浙江大学“百人计划”（2017年）

  • 重庆大学“百人计划”（2013年）
 项目资助（项目主持人、子课题负责人、子课题骨干等）
    在研项目

  • 2020年01月开始（课题负责人）：国家自然科学基金联合基金项目（U1909208）

  • 2020年01月开始（课题负责人）：浙江省重点研发计划择优委托项目（2020C03010）

  • 2019年01月开始（项目主持人）：国家自然科学基金面上项目（81872798）

  • 2018年09月开始（子课题骨干）：国家重点研发计划“精准医学研究”重点专项（2018YFC0910500）

  • 2018年01月开始（项目主持人）：浙江大学青年科研创新专项（2018QNA7023）

  • 2017年07月开始（项目主持人）：浙江大学“百人计划”基金（ZJU2017070）

    • 结题项目

  • 2016年08月开始（课题负责人）：国家重点研发计划“精准医学研究”重点专项（2016YFC0902200）

  • 2015年12月开始（项目主持人）：重庆市新药创制（化药类）主题专项（cstc2015zdcy-ztzx120003）

  • 2014年06月开始（项目主持人）：国家四青人才项目（IRPC-Y-CQU2014-ZF）

  • 2014年06月开始（项目主持人）：中央高校基本科研跨学科重大项目（CDJZR14 46 88 01，结题优秀）

  • 2013年01月开始（项目主持人）：中央高校基本科研跨学科重点项目（CQDXWL-2012-Z003，结题优秀）

  • 2013年01月开始（项目主持人）：国家自然科学基金青年项目（81202459）

  • 2012年09月开始（项目主持人）：重庆市自然科学基金（cstc2012jjA10116）

  • 2012年07月开始（项主目持人）：重庆大学“百人计划”基金（0903005203176，考评优秀）
 已发表的代表性研究工作 (*corresponding author; highlighted graphic abstract; download PDF; &co-first author)
  1. Q. X. Yang, Y. X. Wang, Y. Zhang, F. C. Li, W. Q. Xia, Y. Zhou, Y. Q. Qiu, H. L. Li, F. Zhu*. NOREVA: enhanced normalization and evaluation of time-course and multi-class metabolomic data. Nucleic Acids Res (当年影响因子: 11.501, 生物一区 TOP 期刊). 48(W1): 436-448 (2020).  

  2. J. Y. Yin, W. Sun, F. C. Li, J. J. Hong, X. X. Li, Y. Zhou, Y. J. Lu, M. Z. Liu, X. Zhang, N. Chen, X. P. Jin, J. Xue, S. Zeng*, L. S. Yu*, F. Zhu*. VARIDT 1.0: variability of drug transporter database. Nucleic Acids Res (当年影响因子: 11.501, 生物一区 TOP 期刊). 48(D1): 1042-1050 (2020).  
    3. 科技媒体及新闻报道:

  3. Y. X. Wang, S. Zhang, F. C. Li, Y. Zhou, Y. Zhang, Z. W. Wang, R. Y. Zhang, J. Zhu, Y. X. Ren, Y. Tan, C. Qin, Y. H. Li, X. X. Li, Y. Z. Chen*, F. Zhu*. Therapeutic target database 2020: enriched resource for facilitating research and early development of targeted therapeutics. Nucleic Acids Res (当年影响因子: 11.501, 生物一区 TOP 期刊). 48(D1): 1031-1041 (2020).  
    4. 科技媒体及新闻报道:

  4. Y. H. Li, X. X. Li, J. J. Hong, Y. X. Wang, J. B. Fu, H. Yang, C. Y. Yu, F. C. Li, J. Hu, W. W. Xue, Y. Y. Jiang, Y. Z. Chen*, F. Zhu*. Clinical trials, progression-speed differentiating features, and swiftness rule of the innovative targets of first-in-class drugs. Brief Bioinform (当年影响因子: 9.101, 生物一区 TOP 期刊). 21(2): 649-662 (2020).  

  5. J. Tang, J. B. Fu, Y. X. Wang, B. Li, Y. H. Li, Q. X. Yang, X. J. Cui, J. J. Hong, X. F. Li, Y. Z. Chen, W. W. Xue, F. Zhu*. ANPELA: analysis and performance-assessment of the label-free quantification workflow for metaproteomic studies. Brief Bioinform (当年影响因子: 9.101, 生物一区 TOP 期刊). 21(2): 621-636 (2020).  

  6. Q. X. Yang, B. Li, J. Tang, X. J. Cui, Y. X. Wang, X. F. Li, J. Hu, Y. Z. Chen, W. W. Xue, Y. Lou, Y. Q. Qiu*, F. Zhu*. Consistent gene signature of schizophrenia identified by a novel feature selection strategy from comprehensive sets of transcriptomic data. Brief Bioinform (当年影响因子: 9.101, 生物一区 TOP 期刊). 21(3): 1058-1068 (2020).  

  7. Z. J. Han, W. W. Xue, L. Tao, Y. Lou, Y. Q. Qiu*, F. Zhu*. Genome-wide identification and analysis of the eQTL lncRNAs in multiple sclerosis based on RNA-seq data. Brief Bioinform (当年影响因子: 9.101, 生物一区 TOP 期刊). 21(3): 1023-1037 (2020).  

  8. F. C. Li, Y. Zhou, X. Y. Zhang, J. Tang, Q. X. Yang, Y. Zhang, Y. C. Luo, J. Hu*, W. W. Xue, Y. Q. Qiu, Q. J. He, B. Yang, F. Zhu*. SSizer: determining the sample sufficiency for comparative biological study. J Mol Bio (当年影响因子: 5.067, 生物二区 TOP 期刊). 432(11): 3411-3421 (2020).  

  9. J. J. Hong, Y. C. Luo, Y. Zhang, J. B. Ying, W. W. Xue, T. Xie, L. Tao*, F. Zhu*. Protein functional annotation of simultaneously improved stability, accuracy and false discovery rate achieved by a sequence-based deep learning. Brief Bioinform (当年影响因子: 9.101, 生物一区 TOP 期刊). doi: 10.1093/bib/bbz081 (2019).  

  10. J. J. Hong, Y. C. Luo, M. J. Mou, J. B. Fu, Y. Zhang, W. W. Xue, T. Xie, L. Tao*, Y. Lou*, F. Zhu*. Convolutional neural network-based annotation of bacterial type IV secretion system effectors with enhanced accuracy and reduced false discovery. Brief Bioinform (当年影响因子: 9.101, 生物一区 TOP 期刊). doi: 10.1093/bib/bbz120 (2019).  

  11. Q. X. Yang, J. J. Hong, Y. Li, W. W. Xue, S. Li*, H. Yang*, F. Zhu*. A novel bioinformatics approach to identify the consistently well-performing normalization strategy for current metabolomic studies. Brief Bioinform (当年影响因子: 9.101, 生物一区 TOP 期刊). doi: 10.1093/bib/bbz137 (2019).  

  12. J. Tang, J. B. Fu, Y. X. Wang, Y. C. Luo, Q. X. Yang, B. Li, G. Tu, J. J. Hong, X. J. Cui, Y. Z. Chen, L. X. Yao, W. W. Xue, F. Zhu*. Simultaneous improvement in the precision, accuracy and robustness of label-free proteome quantification by optimizing data manipulation chains. Mol Cell Proteomics (当年影响因子: 5.236, 生物二区 TOP 期刊). 18(8): 1683-1699 (2019).  
    13. ESI高被引或扩展高被引论文:
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 1.27% in 2020.

  13. Y. Zhang, J. B. Ying, J. J. Hong, F. C. Li, T. T. Fu, F. Y. Yang, G. X. Zheng, X. J. Yao, Y. Lou, Y. Q. Qiu, W. W. Xue*, F. Zhu*. How does chirality determine the selective inhibition of histone deacetylase 6? A lesson from Trichostatin A enantiomers based on molecular dynamics. ACS Chem Neurosci (当年影响因子: 4.211, 化学二区 TOP 期刊). 10(5): 2467-2480 (2019).  
    14. ESI高被引或扩展高被引论文:
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 0.90% in 2020.
    封面论文:

  14. Q. X. Yang, Y. X. Wang, F. C. Li, S. Zhang, Y. C. Luo, Y. Li, J. Tang, B. Li, Y. Z. Chen, W. W. Xue, F. Zhu*. Identification of the gene signature reflecting schizophrenia's etiology by constructing artificial intelligence-based method of enhanced reproducibility. CNS Neurosci Ther (当年影响因子: 3.394, 医学二区期刊). 25(9): 1054-1063 (2019).  
    15. 封面论文:

  15. Y. H. Li, C. Y. Yu, X. X. Li, P. Zhang, J. Tang, Q. X. Yang, T. T. Fu, X. Y. Zhang, X. J. Cui, G. Tu, Y. Zhang, S. Li, F. Y. Yang, Q. Sun, C. Qin, X. Zeng, Z. Chen, Y. Z. Chen*, F. Zhu*. Therapeutic target database update 2018: enriched resource for facilitating bench-to-clinic research of targeted therapeutics. Nucleic Acids Res (当年影响因子: 11.561, 生物一区 TOP 期刊). 46(D1): 1121-1127 (2018).  
    16. ESI高被引或扩展高被引论文:
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 0.14% in 2020.
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 0.16% in 2019.
    领域内专家评论:
    • Introduced by OMICTOOLS as "useful for facilitating patient focused research, discovery and clinical investigations of the targeted therapeutics".

  16. F. Zhu*, X. X. Li, S. Y. Yang, Y. Z. Chen*. Clinical success of drug targets prospectively predicted by in-silico study. Trends Pharmacol Sci (当年影响因子: 12.797, 医学一区 TOP 期刊). 39(3): 229-231 (2018).  
    17. ESI高被引或扩展高被引论文:
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 0.34% in 2020.
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 0.10% in 2019.

  17. W. W. Xue, F. Y. Yang, P. P. Wang, G. X. Zheng, Y. Z. Chen, X. J. Yao, F. Zhu*. What contributes to serotonin-norepinephrine reuptake inhibitors' dual-targeting mechanism? The key role of transmembrane domain 6 in human serotonin and norepinephrine transporters revealed by MD simulation. ACS Chem Neurosci (当年影响因子: 4.211, 化学二区 TOP 期刊). 9(5): 1128-1140 (2018).  
    18. ESI高被引或扩展高被引论文:
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 0.29% in 2020.
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 0.29% in 2019.

  18. F. Y. Yang, G. X. Zheng, T. T. Fu, X. F. Li, G. Tu, Y. H. Li, X. J. Yao, W. W. Xue*, F. Zhu*. Prediction of binding mode and resistance profile for dual-target pyrrolyl diketo acid scaffold against HIV-1 integrase and reverse-transcriptase associated ribonuclease H. Phys Chem Chem Phys (当年影响因子: 4.123, 化学二区 TOP 期刊). 20(37): 23873-23884 (2018).  
    19. 封底论文:

  19. Z. J. Han, W. W. Xue, L. Tao, F. Zhu*. Identification of novel immune-relevant drug target genes for alzheimer's disease by combining ontology inference with network analysis. CNS Neurosci Ther (当年影响因子: 3.495, 医学二区期刊). 24(12): 1253-1263 (2018).  
    20. 封面论文:

  20. B. Li, J. Tang, Q. X. Yang, S. Li, X. J. Cui, Y. H. Li, Y. Z. Chen, W. W. Xue, X. F. Li, F. Zhu*. NOREVA: normalization and evaluation of MS-based metabolomics data. Nucleic Acids Res (当年影响因子: 10.162, 生物一区 TOP 期刊). 45(W1): 162-170 (2017).  
    21. ESI高被引或扩展高被引论文:
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 1.09%% in 2020.
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 1.27%% in 2019.
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 2.98% in 2018.
    领域内专家评论:
    • Introduced by OMICTOOLS as "provided valuable guidance to the selection of suitable algorithm in metabolomics".
    • Discussed in StackExchange as "works fine" and "corrections for batches without QC options".

  21. P. P. Wang, X. Y. Zhang, T. T. Fu, S. Li, B. Li, W. W. Xue*, X. J. Yao, Y. Z. Chen, F. Zhu*. Differentiating physicochemical properties between addictive and nonaddictive ADHD drugs revealed by molecular dynamics simulation studies. ACS Chem Neurosci (当年影响因子: 4.348, 化学二区 TOP 期刊). 8(6): 1416-1428 (2017).  
    22. ESI高被引或扩展高被引论文:
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 1.80% in 2020.
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 1.32% in 2019.

  22. H. Yang, C. Qin, Y. H. Li, L. Tao, J. Zhou, C. Y. Yu, F. Xu, Z. Chen, F. Zhu*, Y. Z. Chen*. Therapeutic target database update 2016: enriched resource for bench to clinical drug target and targeted pathway information. Nucleic Acids Res (当年影响因子: 9.202, 生物一区 TOP 期刊). 44(D1): 1069-1074 (2016).  
    23. ESI高被引或扩展高被引论文:
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 0.79% in 2020.
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 0.66% in 2019.
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 0.71% in 2018.
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 0.87% in 2017.

  23. F. Zhu, Z. Shi, C. Qin, L. Tao, X. Liu, F. Xu, L. Zhang, Y. Song, X. H. Liu, J. X. Zhang, B. C. Han, P. Zhang, Y. Z. Chen*. Therapeutic target database update 2012: a resource for facilitating target-oriented drug discovery. Nucleic Acids Res (当年影响因子: 8.026, 生物一区 TOP 期刊). 40(D1): 1128-1136 (2012).  
    24. ESI高被引或扩展高被引论文:
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 0.66% in 2020.
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 0.60% in 2019.
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 0.62% in 2018.
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 0.31% in 2017.

    领域内专家评论:

    • "FACULTYof1000" as "the top 2% of published articles in biology and medicine" and "a most useful resource for scientists and companies working on drug discovery and validation, drug lead discovery and optimization, and the development of multi-target drugs and drug combinations".
    • Prof. Chris Southan in his blog as "Therapeutic Target Database in PubChem".

  24. F. Zhu, C. Qin, L. Tao, X. Liu, Z. Shi, X. H. Ma, J. Jia, Y. Tan, C. Cui, J. S. Lin, C. Y. Tan, Y. Y. Jiang*, Y. Z. Chen*. Clustered patterns of species origins of nature-derived drugs and clues for future bioprospecting. Proc Natl Acad Sci U S A (当年影响因子: 9.432, 综合性一区 TOP 期刊). 108(31): 12943-12948 (2011).  
    25. ESI高被引或扩展高被引论文:
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 0.90% in 2020.
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 0.94% in 2019.
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 1.16% in 2018.
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 1.91% in 2017.
    领域内专家评论: 科技媒体及新闻报道:

  25. F. Zhu, B. C. Han, P. Kumar, X. H. Liu, X. H. Ma, X. N. Wei, L. Huang, Y. F. Guo, L. Y. Han, C. J. Zheng, Y. Z. Chen*. Update of TTD: therapeutic target database. Nucleic Acids Res (当年影响因子: 7.479, 生物一区 TOP 期刊). 38(D1): 787-791 (2010).  
    26. ESI高被引或扩展高被引论文:
    • The Percentile in Subject Area shown in InCites™ was 2.95% in 2017.

  26. F. Zhu, L. Y. Han, C. J. Zheng, B. Xie, M. T. Tammi, S. Y. Yang, Y. Q. Wei, Y. Z. Chen*. What are next generation innovative therapeutic targets? Clues from genetic, structural, physicochemical and system profile of successful targets. J Pharmacol Exp Ther (当年影响因子: 3.867, 医学二区 TOP 期刊). 330(1): 304-315 (2009).  
    27. 所构建方法的临床或实验验证:
    • Pasireotide targeting Somatostatin receptor 1 was approved by FDA in 2011.
    • Fingolimod targeting S1P receptor was approved by FDA in 2010.
    • Ecallantide targeting Plasma Kallikrein was approved by FDA in 2009.
    • Cinryze targeting C1 esterase was approved by FDA in 2009.
    • Icatibant targeting BK-2 receptor was approved by FDA in 2008.
    • Plerixafor targeting CXCR4 was approved by FDA in 2008.
 已获批专利与著作权
  1. F. Zhu, S. Zeng, J. Y. Yin, F. C. Li. 软件著作权 2020SR0275172, 中华人民共和国国家版权局.
    A Software Tool for Analyzing the Interplay among the Variabilities of Drug Transporters (2020)

  2. F. Zhu, Y. X. Wang, Y. Z. Chen, S. Zhang, et al. 软件著作权 2020SR0526446, 中华人民共和国国家版权局.
    A Software Tool for Integrating the Epigenetics with the Protein-Protein Interactions of Drug Target (2020)

  3. F. Zhu, Y. X. Wang, S. Zhang, F. C. Li, et al. 软件著作权 2020SR0527384, 中华人民共和国国家版权局.
    A Software Tool for Strictly Validating the Primary Drug Target and Conducting Network Analysis (2020)

  4. F. Zhu, Y. X. Wang, S. Zhang, F. C. Li, et al. 软件著作权 2020SR0528155, 中华人民共和国国家版权局.
    A Software Tool for Strictly Identifying the Primary Therapeutic Target of the Drugs in Clinical Trial (2020)

  5. F. Zhu, J. J. Hong, J. Hu, L. Tao. 软件著作权 2020SR0274064, 中华人民共和国国家版权局.
    A Software Tool for Discovering the Bacterial Type-IV Secreting System Effector Protein (2019)

  6. F. Zhu, J. Tang, J. B. Fu, Y. X. Wang. 软件著作权 2020SR0274135, 中华人民共和国国家版权局.
    A Software Tool for Assessing Label-free Proteome Quantification from Multiple Perspectives (2019)

  7. F. Zhu, F. C. Li, S. Zhang, Y. X. Wang, et al. 软件著作权 2020SR0525443, 中华人民共和国国家版权局.
    A Software Tool for Discovering the Novel Drug Scaffold Based on Biomarker Identification (2019)

  8. F. Zhu, F. C. Li, S. Zhang, Y. X. Wang, et al. 软件著作权 2020SR0528147, 中华人民共和国国家版权局.
    A Software Tool for Identifying the Tissue-Specific Distribution Pattern of Therapeutic Target (2018)

  9. F. Zhu, Q. X. Yang, B. Li, Y. X. Wang. 软件著作权 2020SR0275177, 中华人民共和国国家版权局.
    A Software Tool for Evaluating Mass-spectrometry-based Metabolomic Data from Multiple Perspectives (2017)

  10. F. Zhu, S. Zhang, F. C. Li, Y. X. Wang, et al. 软件著作权 2020SR0528618, 中华人民共和国国家版权局.
    A Software Tool for Associating the Disease-Relevant Signaling Pathway with Therapeutic Target (2016)
 承办或（参与）组织的学术会议暨国际/国内学术会议任职情况
 国际/国内学术会议邀请报告（大会主题报告、邀请报告等）
 杂志评审（十二本代表性杂志）
Nucleic Acids Res (IF = 11.501); Med Res Rev (IF = 9.300); Br J Pharmacol (IF = 7.730);
Nat Protoc (IF = 10.419); Brief Bioinform (IF = 8.990); Bioinformatics (IF = 5.610);
Proc Natl Acad Sci U S A (IF = 9.412); Anal Chem (IF = 6.785); Mol Pharmaceut (IF = 4.321);
J Med Chem (IF = 6.205); Pharmacol Res (IF = 5.893); J Chem Inf Model (IF = 4.549)
 杂志副主编、编委或主题编辑
Front Pharmacol (IF = 4.225); Comput Biol Med (IF = 3.434); J Alzheimers Dis (IF = 3.909);
Protein Pept Lett (IF = 1.156); Prog Pharm Sci (IF = N.A.)
IDRB: Innovative Drug Research and Bioinformatics Group


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